معاونت فناوری و تحقیقات وزارت بهداشت در راستای تحقق اهداف نقشه جامع علمی و سیاست‌های کلان پژوهشی کشور، مبنی بر استقرار نظام جامع نظارت و ارزشیابی، در نامه‌ای ارزشیابی سالانه فعالیت‌های پژوهشی دانشگاه‌های علوم پزشکی کشور را اعلام کرد که بر اساس آن شاخص‌های مربوط به دو حیطه تولید علم و ساختار بررسی شده است.

     در این ارزیابی دانشگاه علوم پزشکی تهران در بین دانشگاه‌های تیپ یک در حیطه‌های «تولید علم و ساختار» و در حیطه «تولید علم» اول است.

     در شیوه سوم رتبه‌بندی پژوهشی سال 1396، دانشگاه‌های علوم پزشکی کشور بدون در نظر گرفتن تیپ بندی دانشگاه‌ها و تنها بر اساس امتیازات مأخوذه از عملکرد پژوهشی مورد ارزیابی قرارگرفته‌اند که در این شیوه هم دانشگاه علوم پزشکی تهران در رتبه نخست قرار دارد